Ce que je fais : je crée moi même l'arborescence des albums avec les photos redimensionnées, je coche la case signalée par ptitfefe et dans l'onglet paramètres/général "créer dans le dossier images". Comme ça Jalbum ne me sert qu'à créer les index.html et les vignettes dans MON arborescence. Et il ne touche pas aux images. (Par contre, la génération de vignettes n'aime pas toujours les JPEG progressifs et les profils couleurs autres que sRGB et Adobe)
J'espère que ça t'aidera.
Prétentieusement
voilà ce que ça donne pour moi : http://big.bb.free.fr/Quelques%20photographies/index.html