Depuis 1515, les administrateurs de l'HĂ´tel Dieu demandent la construction d'un pont sur le petit bras de la Seine pour y installer les malades.
Un premier pont de pierre à trois arches a d'abord été construit en 1643. Il était surmonté d'un bâtiment à deux étages destiné aux malades.
Les riverains obtiennent après bien des difficultés, l'autorisation d'emprunter ce pont car le Petit-Pont voisin est trop embouteillé. Ils doivent cependnat s'acquitter d'un droit de passage fixé à "un double denier pour chacun des hommes de pied et six deniers pour chaque homme de cheval".
C'est en référence à ce péage qui a subsisté jusqu'à la Révolution, que le pont porte son nom.
Peu de temps après sa construction, en 1634, les garde-corps se rompent au passage d'une procession.
Ce n'est pas temps le poids des processions qui est fatal aux ponts, mais les vibrations engendrées par les pas rythmés.
En 1709, le pont s'écroule.
On le reconstruit à l'identique, avec les salles pour les malades. Il subsistera jusqu'en 1847. On décide en effet de rendre navigable le petit bras de la Seine et on le remplace par un pont en maçonnerie à une seule arche, en 1848.
