Le 100/2.8 doit très bien passer sur l'A900. En tout cas, je ne me fais aucun souci à son sujet.
Je pense que chaque format à ses avantages pour la macro :
- l'APS-C présente l'avantage d'avoir, à ouverture égale, une profondeur de champ plus grande. On gagne environ un diaph.
- le FF présente quant à lui un avantage qui selon moi est LE critère qui me ferait préférer le FF pour la macro : le viseur ! On y voit bien mieux et c'est très appréciable pour contrôler la mise au point.
Il y a d'autres avantages pour l'un et l'autre, mais c'est selon moi les deux principaux.

A chacun de faire son choix ensuite.
Nous avions parlé du sujet ici d'ailleurs :
http://www.alphadxd.fr/viewtopic.php?f=39&t=16357&p=233476